Получение данных с оборудования

[cordek]

Есть ли у кого примеры интеграции ПО типа ЛИМС с оборудованием или какие-то общие стандарты получения данных с оборудования.
На сегодняшний день понятно, что есть считывание с COM-порта, в том числе виртуального, но абсолютное большинство лабораторного оборудования работает по каким-то своим стандартам. Хотелось бы ознакомиться с какими-то примерами.

[Pleh]

Не совсем в тему.
У Хроматэка реализован импорт данных в excel.
Пример для анализа жирно-кислотного состава: https://disk.yandex.ru/i/TY1IQfjEMafiwg
Предупреждение: есть скрытые листы, файл изначально создавался для libreoffice (в excel не работают некоторые функции), реализованы шаблоны для загрузки результатов в "Весту".

Отправлено спустя 3 минуты:
Как возможный вариант, попробовать реализацию через программы автоматизации задач ПК. По типу таких: https://compasweb.ru/5-luchshix-program ... -zadach-pk

[cordek]

Ну да, жкс в Весту загружать была та ещё проблема, пока не сделали загрузку по шаблону.
Я разработчиков Весты просил сделать загрузку из эксель для разных проб, но они не стали делать. Сослались на отсутствие запроса.

[cordek]

нашел по теме интересную разработку:
http://www.unichrom.com/unichromr.shtml UniChrom - Компьютерная система обработки данных с хроматографов, поддерживают различные устройства.
Еще их разработка http://www.unichrom.com/psw/pswr.shtml перенаправление портов с железных COM на TCP/IP

[Pleh]

Бегло смотрел UniChrom. Удобнее чем, ПО от "Хромос", но менее, чем от "Хроматэка".
Когда большой парк разнообразных хроматографов, то да - внедрение оправдано.

[cordek]

Крайне редко встречаются решения (ЛИМС) с настроенной интеграцией с оборудованием и автоматической загрузкой результатов. О полной автоматизации же и речи как правило не ведется. Связано это с некоторыми проблемами, возникающими на пути полной автоматизации.
Рассмотрим сначала измерительное и испытательное оборудование.
Оборудование в плане автоматизации делится на три типа:
1. не подключающееся к компьютеру (без соответствующих интерфейсов вход-выхода).
2. Подключающееся к компьютеру, но работающее на встроенном ПО.
3. Подключающееся к компьютеру и работающее с ПО, установленном на компьютере.

Понятно, что оборудование первого типа интегрировать в ЛИМС нельзя, поскольку нет возможности подключения. Единственный способ работы с таким оборудованием, это ручной перенос полученных значений при измерениях в ЛИМС. Абсолютное множество приборов, которые используются в лаборатории именно такие.

Если оборудование работает на строенном ПО, но имеет связь с компьютером, то можно настроить перенос данных в реальном времени. Как правило такое оборудование подключается по COM порту или USB с эмуляцией COM. Можно написать программу, которая будет следить за соединением и считывать данные в режиме реального времени, примерно как сканер штрих-кодов на кассе в магазине. Сотрудник должен будет открыть соответствующее окно ввода данных в ЛИМС, и программа автоматически считает значение с прибора и запишет его в базу. Для следующей пробы необходимо будет снова открывать окно ввода. Такой способ не ускоряет работы лаборанта, поскольку считываемые значения как правило не столь длинные, и на ввод данных уходит почти столько же времени, как и на ручной ввод.

Оборудование, которое управляется ПО с компьютера имеет больше возможностей для автоматизации, поскольку на нем, как правило, можно запустить серию анализов, как на ифа-анализаторах, хроматографах и атомно-абсорбционных спектрометрах с автосэмплером, или получить значения сразу нескольких показателей, как на ИСП-АЭС (МС). При работе с такими приборами выгодно настраивать интеграцию с ЛИМС, поскольку это сильно бы облегчило ввод данных лаборантом.
К сожалению каждый производитель оборудования развивает свои форматы хранения и передачи данных, поэтому интеграция такого оборудования не является тривиальной задачей, и как правило не выполнима без поддержки со стороны сервисной службы производителя.
Вариантов интеграции тут несколько:
1) Файловый в ручном режиме.
2) Файловый в автоматическом режиме.
3) Прямой доступ к базе ПО прибора.
4) Отдельный сервис интеграции.

Файловый способ наиболее простой. ПО прибора формирует файл с результатами в каком либо формате и сохраняет его в любой папке на компьютере. Сотрудник загружает данный файл в ЛИМС, проверяет заполнение результатов и сохраняет записи в ЛИМС (подписывает их).
Можно сделать к ЛИМС дополнительный автоматический сервис, который будет искать фалы в папке и автоматически подгружать их в ЛИМС. Сотруднику необходимо будет только проверять полноту загружаемых данных. Многие программы к приборам все результаты сохраняют в виде файлов в своей папке, поэтому этот способ можно назвать оптимальным.

Прямой доступ к базе прибора получить довольно сложно, база данных обычно бывает довольно закрытой и сложной. Ну и есть такая база данных лишь у небольшого числа ПО к приборам.

Некоторые производители приборов сами предлагают использовать их единый сервис интеграции приборов. Как правило за это необходимо доплатить. Но использование такого сервиса облегчает интеграцию с ЛИМС, поскольку нет необходимости долго анализировать формат сохранения данных и парсить содержимое, достаточно взять документацию разработчика и настроить запросы. Как пример сервис ЛинтеЛ Линк от БСКБ Нефтехимавтоматика связывает все оборудование и позволяет получать данные об исследованных пробах. Еще пример, LabX от Metler Toledo связывает разное оборудование между собой, сохраняет все данные измерений и может отдавать их в другие программы. Бывает ПО для связи со множеством датчиков температуры и влажности, контроллерами электрической сети и т.д.

Отправлено спустя 4 минуты 9 секунд:
Основная проблема при интеграции с оборудованием - это связка результатов измерений с пробами (образцами).
Первый вариант, это внесение данных в ЛИМС в открытую форму с конкретной пробой. В таком случае необходимо просто считать результат и внести его в нужное поле. Сделать это несложно, примерно как подключить сканер штрихкода. Но надо понимать, что не всякое оборудование передает данные измерений в виде одного числа или строки. Бывает, что есть необходимость немного почистить данные, или правильно их распарсить. В этом случае сотрудник в ЛИМС выбирает ту же пробу, которую сейчас исследует (испытывает), потом проводит измерение, сразу же считывает данные с прибора. Данный вариант по трудозатратам соответствует ручному внесению данных, поэтому хотя и используется, но не распространен. Мало кто захочет тратить деньги на программистов, которые должны будут настраивать связку ЛИМС с каждым используемым в лаборатории оборудованием. Как правило дело ограничивается весами и другим похожим оборудованием.

Если данные с прибора получаются в виде файла или забираются с базы данных ПО прибора, то необходимо перед началом анализа прописывать номера проб. Особенно это касается оборудования с автосемплерами. ПО прибора в таком случае будет выдавать результат в виде "таблицы" с номерами проб, и в ЛИМС будет загружена такая же "таблица".
Далее, сотрудник либо вручную сопоставляет полученные результаты с пробами, либо это происходит в ЛИМС автоматически, когда программа самостоятельно сопоставляет номера образцов и подгружает в пробы нужные данные. В таком случае сотруднику остается только подтвердить результаты. или самостоятельно раскидать те результаты, для номеров проб которых не нашлось совпадений.
Ручное распределение результатов удобно тем, что сотрудник сразу контролирует правильность внесения информации, проверяет нет ли дублирования, или еще каких-то эксцессов.

Автоматическое внесение результатов позволяет ускорить этот процесс.
При автоматическом внесении результатов возникает проблема с правильным внесением номера образца в ПО прибора.
Хорошим решением является штрихкодирование проб, и последующее считывание номеров проб специальными сканерами.
Такие решения имеются в медицинской лабораторной деятельности, Например автоматические ИФА-анализаторы, Автоматы для ПЦР, биохимические анализаторы крови. Образцы поступают с штрихкодом, который считывается при загрузке проб в прибор. В таком случае ПО прибора для нужных штрихкодов поставит полученный результат и отправит таблицу с этими результатами в ЛИМС. В ЛИМС по тем же штрихкодам будет найден нужный пациент и результат добавится ему в карточку.
Но понятно, что такие решения являются узкоспециализированными и весьма не дешевыми.

Поскольку не все приборы снабжены сканерами штрихкодов, сотрудники вынуждены вручную вносить в ПО прибора номера проб, конечно тут бывают ошибки (опечатки), которые потом приходится как-то исправлять при переносе результатов в ЛИМС.

Понятно, что интеграция любого прибора это индивидуальное решение, коробочных решений тут нет. Поэтому стоимость ЛИМС без интеграции приборов в несколько раз ниже и внедрение занимает меньше времени

[Pleh]

Если есть потребность, могу подробно расписать, как был реализован экспорт данных с хроматографа (Хроматэк) в программу LIMS myLab.

[cordek]

Есть такая программа MiNiFi
Может парсить файлы, создавать по шаблону json и передавать его на сервис, который сохранит в базе данных

Отправлено спустя 3 часа 30 секунд:

экспорт данных с хроматографа (Хроматэк) в программу LIMS myLab

Я так понимаю хроматэк сохраняет файл типа xml
А myLab парсит его, там вроде парсинг пишется на питоне.

[Pleh]

Да, архив с xml'ками, но есть возможность экспорта в другие форматы.
В моём случае всё реализовывалось через пень-колоду. Вначале был просто экспорт в excel данных с двух хроматограмм (жирнокислотный состав в параллельных измерениях). В excel производился необходимый обсчёт полученных данных. Затем была создана надстройка (макрос) для экспорта в шаблоны системы Веста. Затем в надстройку был добавлен код для экспорта в формат CSV (TXT). И уже затем в самой LIMS myLab написан скрипт на питоне для загрузки данных из файла CSV.

[cordek]

Ну как-то сложно

[Pleh]

Ну как-то сложно

В принципе ПО Хроматэка, Хромоса поддерживает напрямую экспорт в CSV(TXT) формат.

[cordek]

ПО Хроматэка, Хромоса поддерживает напрямую экспорт в CSV(TXT) формат.

А автоматическое сохранение в нужную папку?

[Pleh]

А автоматическое сохранение в нужную папку?

У Хромоса реализовано так:
"Файлы экспорта записываются в папку, указанную в опции Расположение файлов хроматограмм, в подпапке Export.
Автоматический экспорт происходит в момент завершения анализа после расчёта концентраций компонентов.
Для автоматического экспорта необходимо включить соответствующую опцию в методе (вкладка отчёт)."

У Хроматэка экспорт происходит после обработки хроматограмм, путём формировании отчёта. Выходная папка настраивается.
Во вложении инструкция от Хроматэка.

Экспорт данных в LIMS.pdf

(839.19 КБ) 16 скачиваний

[cordek]

У Хроматэка экспорт происходит после обработки хроматограмм, путём формировании отчёта. Выходная папка настраивается.
Во вложении инструкция от Хроматэка.

вот люди идут навстречу пожеланиям пользователей.
А есть компании, типа IKA, которые за отдельное ПО, сохраняющее файлы просят 2000 евро